Bayona Vásquez Lab
Conservation & Environmental Genomics

PUBLICATIONS IN PEER-REVIEWED JOURNALS

 

2023          PALACIOS-BARRETO P, MAR-SILVA AF, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, ADAMS DH, & DÍAZ-JAIMES P.                              Characterization of the complete mitochondrial genome of the Brazilian cownose ray                                    Rhinoptera brasiliensis (Myliobatiformes: Rhinopteridae) in the western Atlantic and its                                phylogenetic implications. Molecular Biology Reports. https://doi.org/10.1007/s11033-023-08272-0.

 

2023          RIBEIRO JMC, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, BUDACHETRI K, KUMAR D, FREDERICK JC, TAHIR F,                                   FAIRCLOTH BC, GLENN TC, & KARIM S. A draft of the genome of the Gulf Coast tick,                                         Amblyomma maculatum. Ticks and Tick-borne Diseases. 14(2): 102090.                                                               https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2022.102090.

 

2022          HALSEY MK, STUHLER JD, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, PLATT II RN, GOETZE JR, MARTIN RE,                                       MATOCHA KG, BRADLEY RD, STEVENS RD, & RAY DA. Comparison of genetic variation between                     rare and common congeners of Dipodomys with estimates of contemporary and historical                           effective population size. PLoS One. 17(9): e0274554.                                                                                             https://doi.org/10.1371/journal.pone.0274554.

 

2021          BEAUDRY MS, THOMAS JC, BAPTISTA RP, SULLIVAN AH, NORFOLK W, DEVAULT A, ENK J,                                   KIERAN TJ, RHODES OE, PERRY-DOW A, ROSE LJ, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, OLADEINDE A, LIPP                           EK, SANCHEZ S & GLENN TC. Escaping the fate of Sisyphus: assessing resistome                                               hybridization baits for antimicrobial resistance gene capture. Environmental Microbiology.                           http://doi.org/10.1111/1462-2920.15767.

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2021          THOMAS IV JC, KIERAN TJ, FINGER JW, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, OLADEINDE A, BEASLEY J,                                     SEAMAN JC, MCARTHUR JV, RHODES Jr OE & GLENN TC. Unveiling the gut microbiota and                               resistome of wild cotton-mice, Peromyscus gossypinus, from heavy metal and radionuclide-                          contaminated sites in the Southeastern US. Microbiology Spectrum. Vol. (1), e00097-21.                                https://doi.org/10.1128/Spectrum.00097-21

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2021          BEAUDRY MS, WANG J, KIERAN TJ, THOMAS J, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, GAO B, DEVAULT A,                                 BRUNELLE B, LU K, WANG JS, RHODES OE & GLENN TC. Improved microbial community                                 characterization of 16S rRNA via metagenome capture enrichment. Frontiers in Microbiology.                     Vol. 12, pp 833. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.644662

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2020          DÍAZ-JAIMES P, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, ESCATEL-LUNA E, URIBE-ALCOCER M, PECORARO C,                               ADAMS DH, FRAZIER BS, GLENN TC & BABUCCI M. Limited dispersal promotes genetic                                   divergence of Bonnethead Sphyrna tiburo in the Western North Atlantic. Aquatic                                             Conservation, Marine and Freshwater Ecosystems. 1-16. DOI:                                                                               https://doi.org/10.1002/aqc.3434

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2020          KIERAN T, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, VARIAN CP, SALDAÑA A SAMUDIO F, CALZADA JE,                                           GOTTDENKER NL, & GLENN TC. Population genetics of two chromatic morphs of the Chagas                         disease vector Rhodnius pallescens Barber, 1932 in Panamá. Infection, Genetics and                                     Evolution. 84. DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104369

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2020           THOMAS IV JC, OLADEINDE A, KIERAN TJ, FINGER JW, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, CARTEE JC,                                    BEASLEY J, SEAMAN JC, MCARTHUR JV, RHODES Jr OE & GLENN TC. Co-occurrence of                                      antibiotic, biocide, and heavy metal resistance genes in bacteria from metal and                                              radionuclide contaminated soils at the Savannah River Site. Microbial Biotechnology. DOI:                            https://doi.org/10.1111/1751-7915.13578

 

2020           HERNÁNDEZ-ÁLVAREZ C*, BAYONA-VÁSQUEZ NJ*, DOMÍNGUEZ-DOMÍNGUEZ O, URIBE-                                  ALCOCER M & DÍAZ-JAIMES P. Phylogeography of the Pacific Red Snapper (Lutjanus peru) and                      the Spotted Rose Snapper (Lutjanus guttatus) in the inshore Tropical Eastern Pacific. Copeia.                        108(1): 61-71. DOI: https://doi.org/10.1643/CG-18-157.

 

2020           DELGADO-MACHUCA N, MEZA-LÁZARO RN, ROMERO-NAPOLES J, SARMIENTO-MONROY CE,                          AMARILLO A, BAYONA-VÁSQUEZ NJ & ZALDÍVAR-RIVERÓN A. Genetic structure, species limits                        and evolution of the parasitoid wasp genus Stenocorse (Braconidae:Doryctinae) based on                            nuclear 3RAD and mitochondrial data. Systematic Entomology. 45(1): 33-47. DOI:                                            https://doi.org/10.1111/syen.12373.

 

2019          GHOSH A, JOHNSON MG, OSMANSKI AB, GLENN TC, LOUHA S, BAYONA-VÁSQUEZ NJ,                                     GONGORA J, GREEN RE, ISBERG S, STEVENS RD & RAY DA. A high-quality reference genome                           assembly of the saltwater crocodile, Crocodylus porosus, reveals patterns of selection in                               Crocodylidae. Genome Biology and Evolution evz269. DOI:                                                                                     https://doi.org/10.1093/gbe/evz269.

 

2019           BAYONA-VÁSQUEZ NJ*, GLENN TC*, KIERAN TJ, PIERSON TW, HOFFBERG SL, SCOTT PA,                                  BENTLEY KE, FINGER JR. JW, LOUHA S, TROENDLE N, DÍAZ-JAIMES P, MAURICIO R & FAIRCLOTH                      BC. Adapterama III: Quadruple-indexed, double/triple-enzyme RADseq libraries (2RAD/3RAD).                      PeerJ 7:e7724. DOI: http://doi.org/10.7717/peerj.7724.

 

2019           GLENN TC,  PIERSON TW,  BAYONA-VÁSQUEZ NJ, KIERAN TJ, HOFFBERG SL,  THOMAS IV JC,                            LEFEVER DE,  FINGER JR. JW, GAO B, BIAN X, LOUHA S, KOLLI RT, BENTLEY K, RUSHMORE J,                              WONG K, SHAW TI, ROTHROCK JR. MJ, MCKEE AM, GUO TL, MAURICIO R, MOLINA M,                                      CUMMINGS BS, LASH LH, LU K, GILBERT GS, HUBBELL SP & FAIRCLOTH BC. Adapterama II:                            Universal amplicon sequencing on Illumina platforms (TaggiMatrix). PeerJ 7:e7786. DOI:                                http://doi.org/10.7717/peerj.7786.

 

2019           GLENN TC, NILSEN RA, KIERAN TJ, SANDERS JG, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, FINGER JR. JW, PIERSON                      TW, BENTLEY KE,  HOFFBERG SL, LOUHA S,  GARCÍA-DE LEÓN FJ,  DEL RÍO-PORTILLA MA, 

                    REED KD,  ANDERSON JL, MEECE JK, AGGREY SE,  REKAYA R,  ALABADY M, BÉLANGER M,                                  WINKER K & FAIRCLOTH BC. Adapterama I: Universal stubs and primers for 384 unique dual-                        indexed or 147,456 combinatorially-indexed Illumina libraries. PeerJ 7:e7755. DOI:                                          http://doi.org/10.7717/peerj.7755.

 

2018           MEZA-LÁZARO RN, POTEAUX C, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, BRANSTETTER MG & ZALDIVAR-                                    RIVERÓN A. Extensive mitochondrial heteroplasmy in the neotropical ants of the Ectatomma                        ruidum complex (Formicidae: Ectatomminae). Mitochondrial DNA Part A. 29(8): 1203-1214.                          DOI: https://doi.org/10.1080/24701394.2018.1431228.

 

2018           DÍAZ-JAIMES P, BONFIL R, PALACIOS-BARRETO P, BOLAÑO-MARTÍNEZ N & BAYONA-VÁSQUEZ                        NJ. Mitochondrial genome of the critically endangered smalltooth sawfish Pristis pectinata                            from Veracruz, Mexico. Conservation Genetics Resources. 10(4):  663-666. DOI:                                                https://doi.org/10.1007/s12686-017-0896-9.

 

2018           BAYONA-VÁSQUEZ NJ, GLENN TC, URIBE-ALCOCER M, PECORARO C & DÍAZ-JAIMES P.

                    Complete mitochondrial genome of the yellowfin tuna (Thunnus albacares) and the blackfin                        tuna (Thunnus atlanticus): notes on mtDNA introgression and paraphyly on tunas.                                          Conservation Genetics Resources. 10(4): 697-699. DOI:

                    https://doi.org/10.1007/s12686-017-0904-0.

 

2018           BAYONA-VÁSQUEZ NJ, GLENN TC, DOMÍNGUEZ-DOMÍNGUEZ O, URIBE-ALCOCER M & DÍAZ-                          JAIMES P. Mitochondrial genomes of the Pacific sierra mackerel Scomberomorus sierra and                          the Monterey Spanish mackerel Scomberomorus concolor (Perciformes, Scombridae).                                  Conservation Genetics Resources. 10(3): 471-474. DOI:

                    https://doi.org/10.1007/s12686-017-0851-9.

 

2017           BAYONA-VÁSQUEZ NJ, HERNÁNDEZ-ÁLVAREZ CA, GLENN T, DOMÍNGUEZ-DOMÍNGUEZ O,                              URIBE-ALCOCER M & DÍAZ-JAIIMES P. Complete mitogenome sequences of the pacific red                              snapper (Lutjanus peru) and the spotted rose snapper (Lutjanus gutattus). Mitochondrial

                    DNA Part A. 28(2): 223-224. DOI: https://doi.org/10.3109/19401736.2015.1115851.

 

2016           DÍAZ-JAIMES P, URIBE-ALCOCER M, ADAMS DH, RANGEL-MORALES JM & BAYONA-VÁSQUEZ NJ.                      Complete mitochondrial genome of the porbeagle shark, Lamna nasus (Chondrichthyes,                              Lamnidae). Mitochondrial DNA Part B. 1(1): 730-731. DOI:                                                                                      http://dx.doi.org/10.1080/23802359.2016.1233465.

 

2016           DÍAZ-JAIMES P, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, ADAMS DH & URIBE-ALCOCER M. Complete                                            mitochondrial DNA genome of bonnethead shark, Sphyrna tiburo, and phylogenetic                                      relationships among main superorders of modern elasmobranchs. Meta Gene. 7: 48-55. DOI:                      https://doi.org/10.1016/j.mgene.2015.11.005.

 

2016           BOLAÑO-MARTÍNEZ N, BAYONA-VÁSQUEZ N, URIBE-ALCOCER M & DÍAZ-JAIMES P. The                                    mitochondrial genome of the hammerhead Sphyrna zygaena. Mitochondrial DNA Part A.                              27(3): 2098-2099. DOI: https://doi.org/10.3109/19401736.2014.982574.

 

2015           DÍAZ-JAIMES P, BAYONA-VÁSQUEZ NJ, HINOJOSA S & URIBE-ALCOCER M. The complete                                    mitogenome of the common dolphinfish (Coryphaena hippurus). Mitochondrial DNA. 26(6):                        959-960. DOI: https://doi.org/10.3109/19401736.2013.865175.

 

2015           BAYONA-VÁSQUEZ NJ, DÍAZ-JAIMES P & URIBE-ALCOCER M. Isolation and characterization of                        microsatellite loci in the common dolphinfish Coryphaena hippurus (Percifromes:                                          Coryphaenidae) from next generation sequencing and cross amplification in pompano                                  dolphinfish Coryphaena equiselis. Conservation Genetics Resources. 7(2): 373-375. DOI:                                https://doi.org/10.1007/s12686-014-0372-8.

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2007           BAYONA-VÁSQUEZ, NJ & BURBANO MC. New primers for microsatellite loci in Plagioscion                              magdalenae (Pisces: Sciaenidae). Acta Biológica Colombiana. 12S:123.

 

2007           RODRIGUEZ-P E, BAYONA-V N & JIMENEZ-A O. Relationship between the shift on tide levels                          over the abundance on planktonic bioluminescent organisms. Actualidades Biológicas.                                  2007:124.